FORESTIST
Original Article

Genetic variation and DNA barcoding of the endangered agarwood-producing Aquilaria beccariana (Thymelaeaceae) populations from the Malesia Region

1.

Department of Forest Management, Faculty of Forestry, Universiti Putra Malaysia, Selangor, Malaysia

FORESTIST 2020; 70: 85-94
DOI: 10.5152/forestist.2020.20009
Read: 202 Downloads: 105 Published: 15 June 2020

The endangered agarwood-producing Aquilaria beccariana is reportedly secluded in the southern region of the Malay Peninsula (MPen) and more dispersed in the northern and central regions of the Borneo Island (Bor). The two are geographically separated by the South China Sea. Fresh leaf samples from 47 individuals were collected from six natural populations, including Mersing (MERS) of MPen; Upper Baram (BARA1), Marudi (BARA2), and Lawas (LAWA) of Sarawak; Tongod (TONG) of Sabah, and Kalimantan (KALI) of Indonesia, to study their phylogenetic relationship. Seven non-coding chloroplast DNA (cpDNA) regions and the nuclear internal transcribed spacer (ITS) region were amplified and sequenced using polymerase chain reaction (PCR). Several closely related Aquilaria species were included to demonstrate the molecular position of A. beccariana. Phylogenetic analysis, median-joining (MJ) network, and principal coordinate analysis (PCoA) assembled the six populations into two major clusters, MPen and Bor, when using the combined cpDNA dataset, whereas the Bor populations were further clustered into northern and central populations. DNA barcoding analysis using the combined trnL–trnF+ITS2 loci of 12 Aquilaria species revealed that species discrimination is possible for A. beccariana at both species and population levels. In conclusion, this work provides useful genetic information that may help in the management and conservation of agarwood resources.

 


 

Malezya Bölgesinde nesli tükenmekte olan Aquilaria beccariana (Thymelaeaceae) popülasyonlarının genetik varyasyonu ve DNA barkodu

 

Nesli tükenmekte olan Aquilaria beccariana'nın Malay Yarımadası'nda (MPen) güney bölgesinde az rastlandığı ve Borneo Adası'nın (Bor) kuzey ve merkezi bölgelerinde de daha dağınık olarak bulunduğu bildirilmektedir. Güney Çin Denizi, coğrafi olarak ikiye ayrılmış bulunmaktadır. Filogenetik ilişkilerin incelenmesi için, altı doğal popülasyonda 47 bireyden yaprak örnekleri alınmıştır, bu gruplar Saravak'ın Yukarı Baram (BARA1), Marudi (BARA2) ve Lawas (LAWA); Sabah'dan Tongod (TONG) ve Endonezya'dan Kalimantan (KALI)’dır. Yedi kodlayıcı olmayan kloroplast DNA (cpDNA) bölgesi ve nükleer dahili kopyalanmış aralayıcı (ITS) bölgesi, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanılarak güçlendirilmiş ve sıralanmıştır. A. beccariana'nın moleküler pozisyonunu göstermek için yakından ilişkili birkaç Aquilaria türü çalışmaya dahil edilmiştir. Filogenetik analiz, medyan birleştirme (MJ) ağı ve ana koordinat analizi (PCoA) altı popülasyonu iki ana kümede (MPen ve Bor) birleştirilmiştir, kombine cpDNA veri setini kullanılarak Bor popülasyonları ayrıca kuzey ve merkezi popülasyonlara kümelenmiştir. 12 Aquilaria türünün birleşik trnL – trnF + ITS2 lokusları kullanılarak yapılan DNA barkod analizi, hem tür hem de popülasyon düzeyinde A. beccariana için türleri ayırt etmenin mümkün olduğunu ortaya koymuştur. Sonuç olarak, bu çalışma Aquilaria beccariana kaynaklarının yönetimi ve korunmasında yardımcı olabilecek yararlı genetik bilgiler sağlamaktadır.

 

Cite this paper as: Pern, Y.C., Lee, S.Y., Kamarudin, N., Mohamed, R., 2020. Genetic variation and DNA barcoding of the endangered agarwood-producing Aquilaria beccariana (Thymelaeaceae) populations from the Malesia Region. Forestist 70(2): 85-94.

 

Files
EISSN 2602-4039