Ormanlık havzalardan akan suyun kalitesi genelde çok iyi olmakla birlikte, bazı ormancılık uygulamaları derelerdeki suyun kalitesinde önemli bozulmalara yol açabilmektedir. Sediment, en önemli kirlilik etkenidir. Özellikle yol yapımından ve bazı üretim (kesim-taşıma) ve otlatma etkinliklerinden sonra sulardaki asılı sediment düzeyinin yükselmesi ve bunun dere yataklarında olumsuz etkiler yapması, çoğu durumlarda karşılaşılan sorunlardır. Sudaki sedimentin balıkların üremesini engellemesi, en ciddi olumsuz etkidir. Bunu, sudaki nitrat düzeyinin artması ve su sıcaklığının yükselmesi ile ortaya çıkan olumsuz etkiler izler. Ormanlardaki üretim çalışmaları bazı yerlerde derelerdeki nitrat düzeylerini önemli ölçüde arttırabilmekte, dere kıyıları boyunca ormandan üst tabakanın kesilip çıkarılması, su sıcaklığının balıkların yaşamasını engelleyecek ölçüde yükselmesine neden olabilmektedir. Ormancılık etkinliklerinde "en iyi amenajman pratiklerilinin uygulanması ve bunların çeşitli yörelere uygun şekilde geliştirilmesi halinde, bu zararlı etkilerin çoğu engellenebilir.